ในวันพฤหัสบดีที่ 4 กรกฎาคม ทีมจากแอฟริกาทั้ง 48 ทีมจะได้รู้จักกับคู่แข่งรอบแบ่งกลุ่มสำหรับศึกแอฟริกาคัพออฟเนชันส์ปี 2025 ที่โมร็อกโก การจับสลากคัดเลือก AFCON ประจำปี 2025 จะจัดขึ้นที่เมืองโจฮันเนสเบิร์ก ประเทศแอฟริกาใต้
ทีมทั้ง 48 ทีมที่เกี่ยวข้องกับการจับฉลากอย่างเป็นทางการจะได้รับการจัดอันดับ FIFA Ranking ในปัจจุบันที่เผยแพร่โดยองค์กรควบคุมฟุตบอลโลกเมื่อวันที่ 20 มิถุนายน 2024 ในวันพุธ Confédération Africaine de Football (CAF) ได้เปิดเผยขั้นตอนการจับสลากอย่างเป็นทางการสำหรับรอบคัดเลือกสำหรับ ครั้งต่อไปของการแข่งขันที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของทวีป
การแข่งขันในโมร็อกโกจะเป็นครั้งที่ 35 แม้ว่าจะมีการเปลี่ยนแปลงกำหนดเวลาของทัวร์นาเมนต์สุดท้ายตั้งแต่กลางปี 2568 ถึงเดือนธันวาคม ไปจนถึงเดือนมกราคม 2569
การจับสลากจะเริ่มในเวลา 14.30 น. ตามเวลาท้องถิ่น (12.30 น. GMT) ในแอฟริกาใต้ โดยทุกทีมจะถูกแบ่งออกเป็นสี่โถจาก 12 ทีม โดยทีมที่มีอันดับสูงสุดในการจัดอันดับ FIFA ล่าสุดจะอยู่ในโถที่ 1 ถึง 4 จนกระทั่งครบ 48 ทีม
เมื่อการจับสลากเสร็จสิ้นกลุ่มรอบคัดเลือกจะมี 12 กลุ่ม กลุ่มละ 4 ทีม แต่ละกลุ่มมีป้ายกลุ่ม A ถึง L เมื่อรอบคัดเลือกเสร็จสิ้น สองทีมชั้นนำที่เข้าเส้นชัยเป็นที่หนึ่งและสองในสิบเอ็ดกลุ่มที่เจ้าภาพ (โมร็อกโก) ไม่อยู่ในทั้งหมดจะผ่านเข้ารอบการแข่งขัน
กลุ่มที่ผ่านเข้ารอบ ได้แก่ โมร็อกโก ซึ่งเจ้าบ้านจะพบกับทีมอื่นเพียงทีมเดียว นอกเหนือจากเจ้าบ้านที่ผ่านรอบคัดเลือก CAF ระบุว่าในสถานการณ์ที่โฮสต์อยู่ในอันดับแรก โฮสต์จะมีคุณสมบัตินอกเหนือจากการเป็นที่สองในกลุ่ม
ไม่ว่าโมร็อกโกจะจบอันดับที่ใดในกลุ่ม ทีมที่มีอันดับสูงสุดจะผ่านเข้ารอบร่วมกับทีมแอฟริกาเหนือ
โถที่ 1 ประกอบด้วยมหาอำนาจจากแอฟริกาและทีมป้องกันแชมป์ ไอวอรีโคสต์, ประเทศเจ้าภาพ โมร็อกโก, เซเนกัล, ไนจีเรีย, กานา, ตูนิเซีย, แอลจีเรีย, แคเมอรูน, แอฟริกาใต้, มาลี, ดีอาร์ คองโก และอียิปต์